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Clustering des épidémies de résistance aux antimicrobiens parmi les espèces bactériennes dans l’unité de soins intensifs

Contexte On signale fréquemment des éclosions d’unité de soins intensifs en soins intensifs attribuables à la transmission de bactéries résistantes aux antibiotiques. On connaît moins le fardeau des éclosions de résistance attribuables au transfert horizontal d’éléments génétiques mobiles entre les espèces. Cette étude utilise un progiciel pour déterminer le fardeau des espèces et des foyers de résistance dans les unités de soins intensifs adjacentes et pour rechercher des preuves de regroupement des foyers de résistance compatibles avec la transmission interespèces des éléments de résistance. Méthodes Une analyse rétrospective des données Des méthodes de rééchantillonnage et de permutation ont été appliquées pour étudier le regroupement temporel des éclosions. Des éclosions de résultats ont été effectuées pour% de bactéries. des groupes d’espèces /, et des foyers de résistance ont été détectés contre% d’antibiotiques / Des foyers de résistance aux antibiotiques ont été observés dans plusieurs groupes d’espèces simultanément et il y avait des signes de dépendance entre les groupes d’antibiotiques; Conjonctions Espèces apparues pour la majorité des bactéries communément identifiées dans l’unité de soins intensifs Il y avait des preuves de regroupements temporels fréquents des foyers de résistance compatibles avec la transmission interspécifique des éléments de résistance. Un logiciel de détection combiné à un séquençage ciblé des génomes bactériens est nécessaire pour comprendre la contribution du transfert de gènes interspécifiques à l’émergence de la résistance.

unité de soins intensifs, éclosions, résistance aux antibiotiquesL’apparition de la résistance aux antimicrobiens à l’unité de soins intensifs est une préoccupation mondiale émergente, notamment en ce qui concerne les bactéries Gram négatif La résistance aux soins intensifs peut émerger et se maintenir grâce à plusieurs mécanismes souches résistantes , transmission clonale de personne à personne , développement endogène de nouvelles résistances , acquisition d’organismes résistants à partir d’un réservoir environnemental , et transfert horizontal d’éléments génétiques mobiles dans et entre les espèces les bactéries, c’est-à-dire que le regroupement spatial et temporel des cas au-delà de ce que l’on peut attendre du hasard est particulièrement préoccupant dans l’USI et de nombreux rapports ont été décrits dans la littérature ; cependant, la majorité des rapports concernent des foyers uniques avec une seule espèce bactérienne, rendant difficile la conclusion générale sur les facteurs de risque sous-jacents et les voies de dissémination des foyers nosocomiaux En particulier, on ne sait pas dans quelle mesure les foyers de résistance peuvent être attribués Quantifier l’importance relative de ces mécanismes aiderait à cibler le contrôle des infections et les stratégies de gestion des antimicrobiens. Au cours des dernières années, notre comité institutionnel de contrôle des infections a traité des éclosions reconnues aux USI impliquant des espèces d’Acinetobacter. En réponse à l’épidémie de SARM, un programme intensif de contrôle des infections a été lancé en juillet, prévoyant un lavage corporel antiseptique pour tous les patients à partir d’avril Les objectifs de cette étude sont de décrire l’ensemble La découverte de foyers simultanés de résistance entre différentes espèces bactériennes peut suggérer un transfert de gènes horizontaux inter-espèces comme un mécanisme de transfert de gènes transversaux entre les espèces et la résistance aux antimicrobiens. émergence de la résistance à l’USI

Méthodes

Population étudiée

Cette étude rétrospective a été réalisée au NHS Foundation Trust, un hôpital d’enseignement à Londres, Royaume-Uni, avec l’approbation du comité d’éthique de la recherche. Une base de données anonymisée contenant un traitement clinique, démographique, microbiologique et antimicrobien quotidien a été créée. Tous les patients admis aux USI générales adjacentes entre janvier et décembre Les politiques antimicrobiennes mises en place tout au long de la période d’étude ont recommandé un traitement par voie intraveineuse de la vancomycine pour le traitement empirique des infections gram-positives suspectées à l’hôpital et de la gentamicine ou de la ceftazidime traitement empirique de première intention d’une infection à Gram négatif présumée, avec d’autres agents utilisés en présence de résistance ou comme agents de seconde intention. Pendant une période de un mois, la gentamicine a été remplacée par l’amikacine en réponse à une éclosion d’espèces Acinetobacter. visites quotidiennes de contrôle des infections, utilisation de distributeurs de gel d’alcool, utilisation de gants et une surveillance hebdomadaire pour le transport de SARM et de bactéries gram-négatives résistantes à la gentamicine. Une campagne intensifiée de contrôle des infections a débuté en juillet en réponse aux taux élevés d’infection à SARM. Elle a commencé par un accent sur l’éducation et la vérification. de l’hygiène des mains et des précautions de contact Cohorting des patients colonisés par SARM a été introduit en novembre suivi d’un protocole antiseptique quotidien pour tous les patients en avril Tous S aureus, streptocoques et entérocoques et toutes les bactéries Gram négatif présentes en croissance pure ou dominante La flore commensale, les bactéries anaérobies obligatoires, les champignons, les mycobactéries et les bactéries identifiées dans le SARM et les écrans de résistance à la gentamicine n’ont pas été inclus. Jusqu’au mois d’août, les profils de sensibilité ont été déterminés par diffusion sur disque agar pour tous les agents pathogènes. Le système VITEK bioMérieux, Marcy-l’Etoile, France a été utilisé Les tests de sensibilité ont été réalisés selon les normes de la British Society of Antimicrobial Chemotherapy. Les jours-patients des deux unités de soins intensifs ont été calculés à partir des données d’admission et de sortie de l’hôpital. Si un patient avait un échantillon de microbiologie à l’unité de soins intensifs, mais aucune admission aux soins intensifs n’a été enregistrée, le jour de l’échantillonnage a été compté

Détection de cluster

SaTScan a été utilisé pour la détection d’éclosions d’espèces bactériennes http: // wwwsatscanorg Les bactéries ont été classées en groupes d’espèces, par exemple, S aureus, groupes d’espèces, par exemple, staphylocoques coagulase négative [CoNS] ou genre, par exemple espèces Pseudomonas; Le groupe CoNS a été exclu des analyses de détection des grappes en raison de sa vaste hétérogénéité biologique. Pour rechercher des fenêtres temporelles présentant une incidence accrue d’infections, une statistique purement temporelle utilisant un Le modèle de base a été utilisé Des analyses distinctes ont été effectuées pour chaque groupe d’espèces dans chaque unité de soins intensifs. La détection était basée sur le premier isolat de chaque groupe d’espèces durant la période. Des analyses ont été menées pour tous les groupes d’espèces avec & gt; le patient unique isole au moins en soins intensifs; Les isolats avec le groupe d’espèces cible ont été définis comme des cas, et le nombre de patients à risque d’infection en tant que population à risque. Les analyses ont été réalisées en utilisant des unités de temps journalières, un niveau de signification de, et un Le test d’hypothèse a été réalisé avec des simulations de Monte Carlo La détection de la flambée a été effectuée avec ajustement temporel log-linéaire Dans cet ajustement, SaTScan estime à partir des données le pourcentage d’augmentation ou de diminution annuelle du taux qui doit être ajusté avant tests pour les clusters L’analyse des foyers de résistance a été réalisée avec WHONet du Centre collaborateur de l’OMS pour la surveillance de la résistance aux antimicrobiens http: // wwwwhoint / drugresistance / whonetsoftware, qui incorpore la statistique de balayage de permutation spatio-temporelle SaTScan Ce modèle a été appliqué à -year données rétrospectives pour rechercher des groupes de résistance aux antibiotiques les plus fréquemment prescrits Tableau, qui représente% / de tous les jours de traitement antibiotique Pour ajuster la variation purement spatiale et purement temporelle, le modèle de permutation spatio-temporelle requiert des données de cas et, respectivement, la localisation spatiale et le temps pour chaque cas. défini comme « espace » dans WhoNet-SatScan Il est également possible de définir des variables non spatiales par exemple, le profil de résistance comme « emplacement » Ceci permet la détection de clusters temporels dans ces variables par exemple, périodes avec une fréquence plus élevée que prévu en tenant compte des changements temporels dans le dénominateur pertinent, par exemple, isolats totaux résistants et sensibles. Des analyses ont été effectuées pour chaque unité de soins intensifs et pour chaque combinaison groupe d’espèces n = et antibiotique n = séparément Pour tester les foyers de résistance aux antibiotiques dans une espèce donnée- groupe, profil = sensible et profil = résistant ont été pris pour représenter des emplacements distincts Cas où les isolats d’espèces-groupe ont détecté Un foyer de résistance a été défini comme étant la survenue de cas dans la zone résistante, c.-à-d. des isolats résistants dépassant ce que l’on pouvait attendre compte tenu du nombre total de cas observés, qu’ils soient résistants ou sensibles. chaque groupe d’espèces ayant des résultats de tests de sensibilité aux antimicrobiens a été inclus dans les analyses Essences-combinaisons d’antibiotiques testées & lt; La résistance à la vancomycine chez les bactéries Gram négatif n’a pas été analysée. Pour évaluer la cohérence, les analyses ont été répétées dans SaTScan avec une statistique de balayage basée sur la modélisation rétrospective Bernoulli purement temporelle des données de contrôle cas , où Les analyses ont été réalisées comme décrit pour l’analyse purement temporelle de Poisson des groupes d’espèces, avec la longueur maximale de grappe définie en% de la période d’étude. Les isolats de résistance intermédiaire ont été traités comme résistants. Les grappes d’événements définies par les statistiques d’analyse sont appelées épidémies ci-après

Tableau récapitulatif des groupes d’espèces bactériennes et des agents antimicrobiens inclus dans l’analyse des épidémies Groupe d’agents antimicrobiens Acinetobacter spp Amikacin Bacillus spp Amoxicilline Chryseobacterium spp Co-amoxiclav Citrobacter spp Ceftazidime Corynebacterium spp Céfuroxime Enterobacter spp Ciprofloxacine Enterococcus spp Clindamycine Escherichia spp Colistin Groupe A Streptococcus hémolytique spp. Erythromycine Groupe B hémolytique Streptococcus spp. Gentamicine Groupe D hémolytique Streptococcus spp Imipénème / méropénème Groupe G hémolytique Streptococcus spp. Méthicillineb Haemophilus spp Pénicilline Hafnia spp Pipéracilline / tazobactame Klebsiella spp Tobramycine Moraxella spp Vancomycine Morganella spp Neisseria spp Proteus spp Pseudomonas spp Staphylococcus aureus Streptococcus milleri groupe Streptococcus pneumoniae Streptococcus viridans Serratia spp Stenotrophomonas spp Agent antimicrobien de groupe d’espèces Acinetobacter spp Amikacin Ba cillus spp Amoxicilline Chryseobacterium spp Co-amoxiclav Citrobacter spp Ceftazidime Corynebacterium spp Cefuroxime Enterobacter spp Ciprofloxacine Enterococcus spp clindamycine Escherichia spp Colistine Groupe A hémolytique Streptococcus spp Erythromycin groupe B hémolytique Streptococcus spp gentamicine Groupe D hémolytique Streptococcus spp imipénem / meropenema groupe G hémolytique Streptococcus spp Methicillinb Haemophilus Pénicilline Hafnia spp Piperacilline / tazobactam Klebsiella spp Tobramycine Moraxella spp Vancomycine Morganella spp Neisseria spp Proteus spp Pseudomonas spp Staphylococcus aureus Streptococcus milleri groupe Streptococcus pneumoniae Streptococcus viridans Serratia spp Stenotrophomonas spp a L’imipénème a été utilisé pour les tests de sensibilité, et le méropénem a été utilisé pour le traitement antimicrobienb Méthicilline a été utilisé pour les tests de sensibilité uniquement. Les méthodes LargeResampling et permutation des dates de début de l’épidémie Nous avons défini des statistiques pour mesurer la mesure dans laquelle les éclosions ont coïncidé: premièrement, la somme des jours entre toutes les paires possibles de dates de début de l’éclosion; deuxièmement, le pourcentage de jours d’étude chevauchant les éclosions. Le rééchantillonnage a été utilisé pour tester les hypothèses nulles selon lesquelles la probabilité de flambées bactériennes et la probabilité de foyers de résistance ne changeait pas avec le jour de l’étude. il y avait des preuves pour rejeter l’hypothèse nulle que, pour un antibiotique donné, l’agrégation temporelle des groupes de résistance dans plusieurs groupes d’espèces pourrait être expliquée par la variation temporelle sous-jacente de la résistance Rejeter cette hypothèse fournirait la preuve que les foyers de résistance Les analyses ont été réalisées en version R Voir le Matériel supplémentaire pour une description détaillée de ces méthodes. Pour examiner l’utilisation des antimicrobiens, le nombre de jours-patients d’utilisation d’antibiotiques dans chaque USI a été calculé séparément pour les agents antimicrobiens. entre les unités de soins intensifs%; n =, le nombre d’éclosions et l’agrégation temporelle des grappes sont présentés séparément pour les unités de soins intensifs et combinés

RÉSULTATS

Un total de jours-patients a été enregistré en USI et en USI, correspondant à une moyenne de patients par USI par jour. Des échantillons prélevés chez des patients en USI et traités, étaient positifs pour une culture spécifique. Les groupes d’espèces les plus prévalents étaient CoNS%, n =, espèces de Pseudomonas%, n =, et S aureus%, n = Les isolats ont été récupérés à partir d’échantillons des voies respiratoires%; drain et embouts de cathéter%; écouvillons de peau et de plaie%; cultures de sang%; échantillons urinaires%; pus, liquides de drainage et tissus de biopsie%; et autres spécimens%

Éclosions d’espèces bactériennes

Au total, des isolats d’espèces-patients uniques ont été inclus dans l’analyse. Figure montre la présence et la durée des éclosions de groupes d’espèces par rapport à l’incidence de chaque groupe d’espèces dans chaque USI Après application de l’ajustement temporel log-linéaire, des éclosions ont été détectées. Figure, Tableau La taille de l’épidémie variait entre les cas au cours des jours calendaires et les cas au fil des ans Dans l’ensemble, les éclosions ont été détectées pour% des groupes d’espèces / Trois éclosions de groupes d’espèces ont eu lieu dans les deux cas Les USI en même temps Des épidémies composées au moins de cas sont survenues en% des groupes d’espèces / Il n’y avait aucune évidence de regroupement temporel des épidémies de groupes d’espèces pendant la période d’étude après ajustement temporel pour les tendances d’incidence Tableau En revanche, les épidémies détectées avant application des ajustements temporels étaient significativement agrégé au cours des premières années de la période d’étude, tel que mesuré par la statistique des jours de chevauchement ICU-, P =; ICU-, P =; USI combinées, P =

Tableau récapitulatif des foyers de groupes d’espèces dans les deux unités de soins intensifs après ajustement loglinéaire des tendances temporelles sous-jacentes Espèces-groupes Nombre d’épidémies P Valeur initiale Début Observations attendues USI- Acinetobacter spp // // Chryseobacterium spp // // Citrobacter spp / // Corynebacterium spp // // Enterobacter spp // // Enterococcus spp // // Escherichia spp // // GAZ // // GDS // // Klebsiella spp // // Proteus spp // // Pseudomonas spp // // Staphylococcus aureus // // Groupe Streptococcus milleri // // Streptococcus pneumoniae // // ICU- Acinetobacter spp // // Enterobacter spp // // Enterococcus spp // // GGS // // Hafnia spp // // Klebsiella spp // // Pseudomonas spp // // S aureus // // Str eptococcus viridans // // Espèces-groupes Nombre d’épidémies P Valeur initiale Début Observations ICU attendues- Acinetobacter spp // // Chryseobacterium spp // // Citrobacter spp // // Corynebacterium spp // // Enterobacter spp // // Enterococcus spp // // Escherichia spp // // GAZ // // GDS // // Klebsiella spp // // Proteus spp // // Pseudomonas spp // // Staphylococcus aureus // // Groupe Streptococcus milleri // // Streptococcus pneumoniae // // ICU- Acinetobacter spp // // Enterobacter spp // // Enterococcus spp // // GGS // // Hafnia spp // // Klebsiella spp // // Pseudomonas spp // / / S aureus // // Streptococcus viridans // // Abréviations: GAS, groupe A Streptococcus hémolytique; GDS, groupe D Streptococcus hémolytique; GGS, groupe G espèces hémolytiques Streptococcus; Unité de soins intensifs, unités de soins intensifs Les données sur les flambées sont indiquées en jours / mois / année.

Tableau Résultats des analyses de rééchantillonnage et de permutation des éclosions des groupes d’espèces et de la résistance Emplacement Nof Éclosions P Valeur pour les statistiques de test Rééchantillonnage Permutation Dates de début Chevauchement Jours de début Dates de chevauchement Espèces-groupes ICU- Toutes … … ICU- Toutes … … Toutes les espèces … … Résistance aux antibiotiques ICU- Amikacine Amoxicilline … … … … Ceftazidime Céfuroxime Ciprofloxacine Co-amoxiclav Gentamicine Imipénème Pipéracilline / tazobactam * * * Tobramycine … … … … ICU- Amikacine Amoxicilline … … … … Ceftazidime Céfuroxime … … … … Ciprofloxacine … … … … Co-amoxiclav Gentamicine & lt; * * Imipénème … … … … Piperacilline / tazobactam Tobramycine … … … … Amikacine combinée Amoxicilline … … … … Ceftazidime espèces * Céfuroxime Ciprofloxacine * * Co-amoxiclav Gentamicine species * * * Espèces d’imipénem pipéracilline / tazobactam * * * * Tobramycine … … … … Lieu Nof Éclosions P Valeur pour les statistiques de test Rééchantillonnage Permutation Dates de début Chevauchement Jours de début Dates de chevauchement Espèces-Groupes IC U- Tous … … ICU- Tous … … Combiné Toutes les espèces … … Antibiotique résistance ICU- Amikacine Amoxicilline … … … … Ceftazidime Céfuroxime Ciprofloxacine Co-amoxiclav Gentamicine Imipénème Pipéracilline / tazobactam * * * Tobramycine … … … … ICU- Amikacine Amoxicilline … … … … … Ceftazidime Céfuroxime … … … … Ciprofloxacine … … … … Co-amoxiclav Gentamicin & lt; * * Imipenem … … … Pipéracilline / tazobactam Tobramycine … … … … Amikacine combinée Amoxicilline … … … .. déshydratation. Ceftazidime espèces * Céfuroxime Ciprofloxacine * * Co-amoxiclav Gentamicine espèces * * * Imipénème Piperacillin / tazobactam * * * * Tobramycine … … … … Les valeurs de P reflètent la proportion de rééchantillonnage ou de permutation itérations avec moins de jours entre les dates de début de l’épidémie, et avec un pourcentage plus élevé de jours avec des foyers de chevauchement que ceux observés à partir des données. des antibiotiques avec des foyers de résistanceUn rééchantillonnage total et permut Des essais ont été effectués P & lt; a été noté pour% de ces tests / Si l’hypothèse nulle était dans tous les cas vraie, seulement% de ces tests auraient dû montrer des effets significatifs au niveau P = Abréviation: USI, unité de soins intensifs * P & lt; Voir grand

Figure Vue largeDownload slideIncidence d’identification des groupes d’espèces à partir des échantillons cliniques des patients dans les unités de soins intensifs adjacentes USI Les flambées détectées après ajustement temporel des tendances temporelles sous-jacentes sont représentées en bleu Les lignes rouges montrent les flambées qui auraient été détectées si aucun ajustement temporel n’avait été appliqué Incident d’identification de groupes d’espèces à partir d’échantillons cliniques de patients dans des unités de soins intensifs adjacentes USI Les flambées détectées après ajustement temporel pour les tendances temporelles sous-jacentes sont représentées en bleu Les lignes rouges montrent les flambées qui ont été détectés si aucun ajustement temporel n’a été appliqué Le nombre de jours-patients pour chaque unité de soins intensifs est indiqué en haut

Éclosions de résistance aux antimicrobiens

Sélection des premières espèces bactériennes par patient avec des résultats de sensibilité aux antibiotiques isolats identifiés Vingt-quatre foyers de résistance ont été détectés en USI et en USI- Figure, Tableau La taille de l’épidémie variait de cas sur plusieurs jours à des cas sur plusieurs années détection utilisant le modèle de probabilité de Bernoulli

Éclosions de résistance à la table dans les deux unités de soins intensifs après l’application des ajustements spatiotemporels Résistance Epidémies Aucune valeur P Début Début Observations attendues USI- Amikacine Acinetobacter spp // // Serratia spp // // Klebsiella spp // // Amoxicilline Enterococcus spp / // // Ceftazidime Klebsiella spp // // Pseudomonas spp // // Céfuroxime Haemophilus spp // // Klebsiella spp // // Ciprofloxacine Enterobacter spp // // Klebsiella spp // // Pseudomonas spp // // Co- Amoxiclav Enterococcus spp // // Escherichia spp // // Haemophilus spp // // Gentamicine Enterobacter spp // // Klebsiella spp // // Pseudomonas spp // // Staphylococcus aureus // // Imipénème Acinetobacter spp // // Enterobacter spp // // Pseudomonas spp // // Piperacillin / tazobactam Escherichia spp // // Klebsiella spp // // Morganella spp // // ICU- Amikacin Acinetobacter spp // // Enterobacter spp // // Ceftazidime Citrobacter spp // // Klebsiella spp // // Céfuroxime Haemophilus spp // // Ciprofloxacine Proteus spp // // Co-amoxiclav Haemophilus spp // // Klebsiella spp // // Gentamicin Klebsiella spp // / / S aureus // // Serratia spp // // Imipénème Acinetobacter spp // // Pipéracilline / tazobactam Citrobacter spp // // Klebsiella spp // // Tobramycine Klebsiella spp // // Résistance Outbreaka Non P Valeur Début Fin Observé ICU attendu Amikacine Acinetobacter spp // // Serratia spp // // Klebsiella spp // // Amoxicilline Enterococcus spp // // Ceftazidime Klebsiella spp // // Pseudomonas spp // // Céfuroxime Haemophilus spp // // Klebsiella spp // // Ciprofloxacine Enterobacter spp // // Klebsiella spp // // Pseudomonas spp // // Co-amoxiclav Enterococcus spp // // Escherichia spp // // Haemophilus spp // // Gentamicin Enterobacter spp // // Klebsiella spp // // Pseudomonas spp // // Staphylococcus aureus // // Imipénème Acinetobacter spp // // Enterobacter spp // // Pseudomonas spp // // Pipéracilline / tazobactam Escherichia spp // // Klebsiella spp // / / Morganella spp // // USI-Amikacin Acinetobacter spp // // Enterobacter spp // // Ceftazidime Citrobacter spp // // Klebsiella spp // // Céfuroxime Haemophilus spp // // Ciprofloxacine Proteus spp // // Co- amoxiclav Haemophilus spp // // Klebsiella spp // // Gentamicin Klebsiella spp // // S aureus // // Serratia spp // // Imipénème Acinetobacter spp // // Pipéracilline / tazobactam Citrobacter spp // // Klebsiella spp // // Tobramycine Klebsiella spp // // Abréviation: unité de soins intensifs, unités de soins intensifs Les données sur les flambées sont indiquées en jour / mois / année.

Figure Vue largeDownload slideNombre de jours-patients d’antibiothérapie dans les unités de soins intensifs adjacentes pour différents agents antimicrobiens Les barres colorées représentent les épidémies détectées de résistance aux antibiotiques Abréviation: unité de soins intensifs, unité de soins intensifs; Pip / Taz, pipéracilline / tazobactamFigure View largeToile de téléchargementNombre de jours-patients d’antibiothérapie dans les unités de soins intensifs adjacentes pour différents agents antimicrobiens Les barres colorées représentent les foyers détectés de résistance aux antibiotiques Abréviation: USI, unité de soins intensifs; Pip / Taz, pipéracilline / tazobactamPour les unités de soins intensifs combinées, des combinaisons de groupe d’espèces et d’antibiotiques ont été analysées Des foyers de résistance ont été détectés pour% de ces combinaisons / et ont été identifiés dans plusieurs groupes d’espèces pour% des antibiotiques / En% des foyers de résistance / Aucune augmentation concomitante de l’incidence des groupes d’espèces n’a été observée, alors que% des foyers de résistance / coïncidaient avec une épidémie du groupe d’espèces. Tableau Les épidémies de résistance à la ceftazidime, à la ciprofloxacine, à la gentamicine et à la pipéracilline / tazobactam transcendant plusieurs groupes d’espèces simultanément étaient peu susceptibles d’être indépendantes. pour la ciprofloxacine, la gentamicine et la pipéracilline / tazobactam, inter-spe Le nombre de jours d’utilisation d’antibiotiques pour les antibiotiques en relation avec l’apparition de foyers de résistance est montré dans la figure Il y avait une augmentation des jours de thérapie avec la ceftazidime, co-amoxiclav, gentamicine et pipéracilline / tazobactam et diminution du céfuroxime, de la ciprofloxacine, de l’érythromycine et de la vancomycine au cours de l’étude Les dates de début des éclosions de résistance n’ont pas suivi de façon constante une augmentation du nombre de jours d’antibiothérapie

DISCUSSION

Cette observation serait compatible avec l’utilisation d’antibiotiques et / ou la transmission horizontale des gènes étant les facteurs prédominants favorisant l’émergence de foyers de résistance. % / des antibiotiques avec des foyers de résistance, ils sont apparus simultanément dans plusieurs groupes d’espèces et, dans la majorité des cas /, les foyers n’ont pas été observés indépendamment dans les différents groupes d’espèces. L’agrégation temporelle et la non-indépendance des foyers de résistance ne peuvent pas être expliquées par L’utilisation d’un logiciel sophistiqué de détection des épidémies pour analyser un large éventail de groupes d’espèces et de combinaisons de profils de résistance a montré des foyers de résistance fréquents avec un schéma de distribution compatible avec la transmission interspécifique des éléments de résistance. On ne peut expliquer ce phénomène uniquement par l’importation simultanée de souches résistantes, la transmission interhumaine ou l’acquisition de l’environnement sans échange génétique inter-espèce. Il existe de nombreuses preuves que l’utilisation antimicrobienne influe sur les tendances de résistance intra-espèce dans les unités de soins intensifs [- ], et il est donc possible que la pression antibiotique ait entraîné des éclosions simultanées chez plusieurs espèces par le développement endogène d’une nouvelle résistance et par la sélection d’organismes résistants issus de la flore du patient. Patients-jours d’antibiothérapie et dates de début des foyers de résistance dans notre étudeL’accent a été mis auparavant sur l’étude des regroupements de résistance entre espèces. Cependant, il existe un grand réservoir d’éléments mobiles porteurs de gènes de résistance et le transfert horizontal d’éléments génétiques a été reconnu comme un mécanisme important de propagation de la résistance, en particulier chez les patients en réanimation Le transfert horizontal de gènes a largement contribué à l’émergence de la résistance chez les Enterobacteriaceae pendant plusieurs périodes épidémiques et a été impliqué dans% des infections à bactéries Gram négatif hautement résistantes dans un tertiaire. hôpital de soins Cette étude est la première à décrire la distribution relative des foyers de résistance parmi les espèces bactériennes afin de déterminer si un modèle compatible avec une implication fréquente du transfert horizontal de gènes est évident à partir des données. Les groupements étaient justifiés par la portée de l’étude, qui n’était pas d’identifier des espèces spécifiques ou des clones responsables de la transmission interspécifique de la résistance, mais de tester la dépendance inter-espèces des foyers de résistance. de cette étude sont l’inclusion du majori des ajustements de la population et des données de contrôle pour tenir compte des changements de population, et l’ajustement de la saisonnalité sous-jacente et des tendances temporelles des profils d’incidence et de résistance des groupes d’espèces pendant la détection des grappes. Ces ajustements suggèrent que les foyers détectés refléter de véritables clusters de transmission Contrairement à la détection de flambée basée sur des règles, l’utilisation d’un logiciel avancé de détection d’épidémies ne repose pas sur un jugement subjectif de l’occurrence de l’épidémie. combinaison de chaque groupe d’espèces ou groupe d’espèces et d’antibiotiques Deuxièmement, nous n’avons inclus que le premier isolat pour chaque groupe d’espèces de chaque patient. Ces deux facteurs ont pu entraîner une sous-estimation de l’incidence des éclosions pendant la période. règle proposée que les espèces Enterobacter, espèces Serratia , Citrobacter freundii, Morganella et Providencia devraient être rapportés comme résistants aux céphalosporines et à la pipéracilline / tazobactam Bien que cette règle ait été controversée et non rigoureusement appliquée, certains isolats résistants auraient pu être rapportés plutôt que mesurés comme résistants. En résumé, une meilleure compréhension de la contribution relative des différents mécanismes d’émergence et de propagation de la résistance aux soins intensifs est nécessaire pour éclairer les programmes de gestion des infections et de contrôle des infections. Des études supplémentaires utilisant un logiciel automatisé de détection des épidémies, combinées avec un séquençage ciblé des génomes bactériens, seront nécessaires pour déterminer la contribution du transfert de gènes interspécifiques à l’émergence de la résistance dans l’hôpital. réglage al

Remarques

Remerciements John Stelling, Susan Huang et Martin Kulldorff sont grandement appréciés pour leurs questions concernant les paramètres d’analyse du logiciel WHONet-SaTScan. Ben Cooper fait partie du Wellcome Trust Mahidol University Programme de recherche en médecine tropicale d’Oxford, soutenu par le Wellcome Trust of Great Grande-Bretagne Major Overseas Programme-Thaïlande Unité Core Grant Ben Cooper reconnaît également le soutien de la Oak FoundationFinancial support Ce travail a été soutenu par une subvention de Pfizer dans le cadre du programme Fondation AIRE et par Guy & amp; St Thomas ‘Charity, ministère de la Santé par l’intermédiaire du prix du Centre de recherche biomédicale du NIHR pour Guy & amp; NHS Foundation Trust de St Thomas en partenariat avec King’s College London Conflits d’intérêts potentiels Tous les auteurs: Aucun conflit signaléTous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués